زگیل‌های تناسلی از لحاظ شکل ظاهری، عوارض و مقاومت در برابر درمان به دسته‌بندی‌های مختلف تقسیم می‌شوند. اما طی یک دسته بندی کلی می‌توان این ویروس‌ها را به دو گروه کم خطر و پرخطر طبقه بندی نمود. در لیست زیر انواع زگیل تناسلی کم خطر و زگیل تناسلی پر خطر را بررسی خواهیم کرد:

• زگیل تناسلی کم خطر: زگیل های تناسلی کم خطر احتمال سرطانی شدن ندارند. برخی از انواع سویه‌های این بیماری به شکل توده های بسیار ریز در اندام تناسلی ظاهر می‌شوند، اما پس از مدتی به خودی خود توسط سیستم ایمنی از بین می‌روند. غالب انواع زگیل تناسلی در این دسته قرار می‌گیرند. سویه 6 و 11 جزو رایج‌ترین نوع زگیل تناسلی به شمار می‌روند که کم خطر محسوب می‌شوند.
• زگیل تناسلی پر خطر: زگیل های تناسلی پرخطر ریکس بالایی داشته و احتمال سرطانی شدن آنها زیاد است. این نوع از ویروس پاپیلوما می‌تواند به سرعت در بدن قربانی تکثیر شود. در نهایت ویروس هایی که در این دسته بندی قرار می‌گیرند، می‌توانند زمینه ساز سرطان واژن، سرطان دهانه رحم، سرطان آلت و حتی سرطان دهان شوند. سویه‌های 16 و 18 دو نوع نسبتا رایج از این گروه به شمار می‌روند.

به طور کلی می‌توان زگیل تناسلی را از لحاظ محل زگیل هم دسته بندی کرد. زگیل تناسلی آلت، زگیل تناسلی مقعد، زگیل تناسلی واژن، زگیل تناسلی بیضه و زگیل دهان هر کدام یک نوع از زگیل های تناسلی محسوب می‌شوند.