زگیل های روی زبان خطرناک نیستند، اما بسیاری از مردم آنها را ناخوشایند و ناراحت کننده می دانند. برخی از زگیل های دهانی ممکن است به هنگام خوردن غذاهای سخت و نوشیدن مایعات داغ مانند قهوه، چای یا سوپ دردناک باشند. اگر زگیل ها به اندازه ی کافی بزرگ باشند، ممکن است غذا خوردن و صحبت کردن طبیعی را دچار مشکل کنند.

گرچه، برخی از سویه های ویروس HPV که موجب بروز زگیل می شوند، مربوط به نوع خاصی از سرطان از جمله سرطان سر و گردن، سرطان آلت تناسلی و به طور ویژه سرطان رحم می شوند. اگر عفونت HPV باعث بروز زگیل های دهانی روی زبان شود، احتمال ابتلا به سرطان های دهان، گلو و مری بیشتر می شود.